Балтийское море является внутриматериковым морем Атлантического океана, между Скандинавским полуостровом и материковыми берегами Северо-Западной Европы. Его воды омывают берега значительного числа стран: Швеции, Финляндии, России, Эстонии, Латвии, Литвы, Польши, Германии, Дании. И именно это, считают экологи, стало главной причиной столь сильного загрязнения моря. Акватория испытывает сильнейшую нагрузку со стороны индустриальных стран.

Основные экологические проблемы связаны с захоронением на дне моря химического оружия, сбросом в море сточных вод крупных городов, смывом химических удобрений, используемых в сельском хозяйстве, и особенно с судоходством – одним из самых интенсивных в мире. Выходы в Балтийское море имеют крупнейшие порты Европы: Санкт-Петербург, Калининград, Выборг, Таллин, Рига, Клайпеда, Копенгаген, Стокгольм, Хельсинки и т.д.

При этом Балтика имеет затрудненный водообмен с Мировым океаном, обновление вод длится около 30 лет.

Загрязненность Балтийского моря усложняет возведение морских объектов. Например, в связи с долгим выбором безопасного маршрута Данией было отложено строительство российского газопровода "Северный поток-2".

В последнее время Европейский союз начал активную борьбу и с избыточной рыбной ловлей в Балтике. Установленные уровни допустимого количества вылавливаемой рыбы превышают уровни, рекомендуемые учёными. Так, в 2019 году ЕК постановила значительно сократить в 2020 году вылов трески, количество которой в море стало стремительно сокращаться. Проблемой остается и побочный вылов. В сети рыбацкий траулеров попадают дельфины, тюлени, птицы, и часто погибают от полученных повреждений.